Murillo el Fruto se menciona con ocasión de las hostilidades entre cristianos y musulmanes que preludiaron en el siglo IX la formación del reino de Pamplona. Es errónea la noticia de la concesión a sus repobladores del fuero de Medinaceli por el rey Pedro I (1102).
Era villa de señorío realengo, cuya pecha anual cifró por «fuero» Sancho VII el Fuerte (1207) en 400 sueldos, más 150 cahíces de trigo y otros tantos de cebada y avena, sin perjuicio de las labores que los vecinos debían prestar en las obras del castillo y en el cultivo de las heredades directas de la corona.
En 1266, el rey Teobaldo II dio a tributo perpetuo, a los habitantes de Murillo, todas las yerbas, casas, cubas, viñas y piezas que tenía en aquel lugar y sus términos, por 30 cahíces de trigo, 30 de cebada y 100 sueldos anuales, reteniendo el rey para sí la caza de los coneillos (conejos), y que no pudiesen cortar árbol ni leña ninguna sin su orden; pero que pudieran pacer las yerbas y poner soteros (guardas) que las guardasen. El mismo rey comunica en 1269 al concejo de Murillo que ha hecho donación al monasterio de La Oliva de ciertos sotos (“Çalduçassarra, Arçiçuloa y Oylarçaldua”) situados entre Carcastillo y Santacara, por la margen misma del monasterio, por los que dicho monasterio pagaba anteriormente y cada año 15 cahíces de trigo, cantidad que formaba parte de los 60 cahíces que tributan como pecha los de Murillo al rey y que, a partir de ahora, los monjes estaban exentos de pagar; lo que se les informa para que en lo sucesivo no apremien al monasterio con obligaciones que ya no tiene. En 1271, Enrique I, rey de Navarra, confirma al concejo de Murillo la donación al monasterio de La Oliva de ciertos sotos reales, hecha por su difunto hermano Teobaldo e insta a los de Murillo a que respeten dichos sotos, situados al otro lado del río Aragón, y a que pongan guardas para su vigilancia. Felipe III de Evreux confirmó (1331) a Murillo (Murieillo Freyto) los fueros otorgados por Sancho el Fuerte (1207), Teobaldo II (1266) y Enrique I (1271).
En el año 1222 la villa de Murillo el Fruto se obligó por escritura a dar paso por sus términos a los monjes, carros y cabalgaduras del Monasterio de la Oliva que fuesen y viniesen de Castelmunio (La Oliveta).
En octubre de 1337, con ocasión del compromiso matrimonial entre Pedro IV de Aragón y la infanta María, hija de Felipe III de Evreux y Juana II, el castillo de Murillo el Fruto fue empeñado, junto con los castillos de Arguedas, La Estaca, Santacara, Gallipienzo y Burgui, como prenda de la dote de la infanta navarra.
Carlos II concedió las rentas de la villa a Juan de Bearne (1381), en una renta anual de 600 libras de carlines prietos para el y para sus hijos varones. El 13 de mayo de 1385 Ramonet de Sort presta homenaje a Carlos II por el castillo y villa de Murillo el Fruto comprometiéndose contra todos sus enemigos, excepto los reyes de Francia e Inglaterra.
En 1387 se efectúan cuentas con los recibidores de la merindad de Sangüesa. Figura el castillo de Murillo el Fruto, que había sido entregado a manos de un particular, concretamente a Beltrán de Lacarra.
Por segunda vez esta villa fue empeñada en 1402 por la corona (Carlos III) a favor del rey de Aragón, don Martín el Humano, cuando se casó su hijo Martín de Sicilia con doña Blanca de Navarra, hija del rey, futura esposa de Juan II y madre del Príncipe de Viana.
El 10 de abril de 1407 el rey Carlos III hace saber que había decidido que la villa de Olite fuera cabeza de merindad, incluyendo a Murillo el Fruto, que hasta la fecha pertenecía a la merindad de Sangüesa.
Con motivo de la boda de Felipe de Navarra, hijo de Leonel, hermano bastardo de Carlos III, con Juana de Peralta, hija de Mosén Pierres el Viejo, en 1424, Carlos III le concedió 3.500 florines y ordenó que en el ínterin no le fuesen pagados a él o a sus herederos y sucesores , pudieran percibir, por cuenta de ellos, las pechas que en dinero, trigo y cebada, debían al rey los lugares de Murillo el Fruto, Santacara y Pitillas, con la laguna de Sabasán, sin descuento alguno, después de la muerte de Beltrán de Lacarra que a la sazón las tenía.
No llegó a disfrutar D. Felipe de dichas pechas, pues en 1442 lo había impedido el príncipe de Viana, que en 1447 se las dio a Juan de Beaumont, y las recuperó su viuda Juana en el mes de noviembre de 1450 por orden del rey D. Juan II, quien renovó la donación al mariscal D. Pedro, hijo de los dichos D. Felipe y Juana, para sí y sus sucesores.
Las luchas entre agramonteses y beaumonteses también se trasladan a Murillo el Fruto. En 1468, la princesa doña Leonor confirma la donación del castillo y pechas que su hermano el Príncipe de Viana había hecho a Juan de Beaumont en 1447. Pero don Pedro de Navarra, agramontés, pretextando tener derecho, tomará este castillo y aunque doña Ñeonor fue personalmente a hacerse cargo del castillo, Pedro de Navarra se lo impidió con insultos y agravios.
Más tarde los monarcas Catalina y Juan III empeñaron esta villa al mariscal Pedro de Navarra en 1498 para su casamiento con Doña Mayor de la Cueva. Los reyes hicieron merced a Pedro de Navarra de 3.000 ducados y que entretanto que no se le entregase dicha suma, recibiese los cuarteles y alcabalas de los pueblos de S. Martín, Pitillas, Murillo el Fruto y Beire, con la jurisdicción baja y mediana. Estos pueblos tornaron a la corona pagando ellos mismos los 3.000 ducados, habiendo concedido la reina el que se pudiesen resarcir de esa cantidad perdonándoles los cuarteles y alcabalas durante 30 años, merced que confirmó Fernando el Católico en 1513.
En el año de 1688 el rey Felipe IV concedió a los marqueses de Cortes la gracia de sus pechas y alcabalas. Estas pechas subsistieron hasta que en 1845 fueron abolidas.
En 1802 es gobernado, como realengo que era, por un alcalde, que nombraba el virrey, y por dos alcaldes regidores que se elegían entre los vecinos. Con las reformas municipales de 1835-1845 quedó como ayuntamiento de régimen común
En 1847 había dos escuelas, frecuentadas por 30 niños y 35 niñas con un maestro y una maestra, que percibían respectivamente 72 y treinta robos de trigo. Contaba con presa sobre el río Aragón para el riego y funcionaba un molino harinero.
En su término existían tres ermitas: las de El Salvador, San Miguel y Santa María Magdalena.
Murillo el Fruto parece ser que pastoreaba en la Bardena con anterioridad al siglo XIV, pero fue paulatinamente perdiendo este disfrute y totalmente en 1705 cuando no contribuyó al pago pedido por el rey Felipe V.
La casa de Rada:
Debido a una serie de desgracias, Juan de Rada, sin duda agramontés, vino a Murillo en 1452 después de recibir permiso de Juan II para reedificar o trasladar desde Rada a otro punto su maltrecho palacio, y le concede la alcaidía del castillo de Murillo para que la goce él y todos los que vinieren de él con los salarios y emolumentos que gozan los otros castellanos de los otros castillos perpetuamente. Construye un palacio del que se conserva una parte y en el que, más tarde, se adosó una lápida con el escudo de armas sobre la puerta principal, que reza :
Su hijo, también Juan de Rada (y Sarasa), edificó en 1500 una capilla dedicada a S. Blas en la misma iglesia de Santa María. Al construirse la nueva iglesia en la parte de abajo (1528-1581) se trasladó allí, junto con la sepultura de la familia, con cierta oposición del vecindario (1548).
Pedro de Rada (y Pérez de Gallipienzo), hijo del anterior, instituyó en 1506 el mayorazgo de Rada-Sarasa, con el fin de vincular los bienes de la familia al apellido Rada.
Un hermano de Pedro, el doctor Martín de Rada, nacido en Murillo el Fruto, miembro del Consejo y Alcalde de la Corte Mayor de los reyes Catalina I y Juan III de Albret o Labrit, fue recompensado por los reyes navarros con diversas gracias por los grandes trabajos y gastos hechos (150 libras) como embajador ante los reyes de Castilla en 1504 y 1505, y por otros servicios. Del partido agramontés, Martín de Rada defendió la causa de los reyes navarros.
El 8 de junio de 1523, Alfonso de Navarra, abad de La Oliva, cedió a censo perpetuo a Pedro de Rada (y Artieda), escudero y vecino de Murillo, diversas propiedades en dicha villa, por las que deberá pagar al monasterio una renta anual de 100 sueldos jaqueses más diezmos y primicias. (casa con corrales, un casal, una era, un huerto, diez campos y una viña).
Los Rada habitaron en Murillo el Fruto, hasta que en 1673 Bernarda de Rada se casó con José de Morales y Asiáin, natural de Corella. El 2 de enero de 1674 se fueron a vivir a Corella.
Muerte de Pedro de Rada:
En el año 1512 tras la anexión del reino a Castilla, Pedro de Rada se sublevó junto con otros castillos por la independencia de Navarra al pretender Juan de Labrit recuperar su trono cruzando los Pirineos con el apoyo francés. Tras una maniobra rápida de las fuerzas castellanas, el castillo fue abatido y Pedro de Rada murió en el castillo de Tafalla a consecuencia del duro interrogatorio a que fue sometido. Según refiere Garibay, Pedro de Rada fue “descoyuntado a puros tormentos.” y una crónica anónima, al describir la prisión y muerte del noble Pedro de Rada, indica que fue “tan perseguido, que como buen caballero murió en Tafalla, preso y descoyuntado de tormentos por querer saber de lo que por ventura no sabía o como noble no quiso decir.”
Destrucción del castillo:
La fortaleza de Murillo el Fruto, junto con la de Santacara, fue derrocada ya a finales de 1512 o comienzos del 1513. Veamos a este respecto lo que escribe en su crónica el historiador aragonés Zurita:
“Diose la orden de derribar el castillo de Santacara, pero se entabló disputa sobre ello. Algunos decían que era más conveniente derribar la fortaleza de Murillo, porque estaba entre Sangüesa y Tudela, muy cercana de Olite y Tafalla, junto a la muga del Aragón, de donde podría hacerse mucho daño, por ser los de aquel lugar muy aficionados al Mariscal; y dado caso de que se respetase la fortaleza de Murillo, no parecía prudente derribar la de Santacara, la cual estaba en manos de los beaumonteses: por fin se determinó derribar las dos.”
Destruido el castillo, es cuando Murillo el Fruto se instaló definitivamente en la falda del altozano, edificando las primeras casas en la actual calle de San Andrés y para ello se aprovechó la piedra de la fortaleza y pueblo antiguo.
Iglesia de Santa María:
En 1528 se comienza la construcción de la iglesia de Santa María sobre una primitiva iglesia protogótica, dedicada al Apóstol Santiago, que todavía se perciben en los muros de la nave hacia los pies y en la capilla cuadrada con bóveda de cañón donde asienta la torre.
Esta traza del siglo XVI forma en planta una cruz latina con nave única de tres tramos, amplio crucero de brazos rectos y cabecera pentagonal; las cubiertas son bóvedas de nervios que forman gallones en el ábside, terceletes en el crucero y nave, y crucería simple en la sacristía.
Frente a este último espacio se construyó en torno a finales del siglo XVIII una estancia simétrica y adyacente al brazo del crucero. Por el lado de la Epístola se levantó, a su vez, una capilla cuadrada, cubriéndose ambos espacios con sendas bóvedas de aristas; al mismo tiempo se remodeló el arco de embocadura de la capilla medieval para uniformar el conjunto.
La torre actual data del siglo XVII, excepto el remate que es moderno, y es obra de Juan de Landerráin
Muestra del romanismo navarro es el retablo mayor del templo, que data de 1588, obra del ensamblador de Olite Pedro de Arcéiz; sigue modelos iconográficos próximos a los de Pedro González de San Pedro. Su calidad se resiente por el reajuste de la mazonería y el repinte efectuados en el siglo XVIII; estas modificaciones se aprovecharon, además, para incorporar un sagrario barroco con las imágenes de San Pedro y San Pablo.
Entre las piezas que en el año 1845 se incorporaron a la parroquia procedentes del monasterio de La Oliva destacan el retablo de San Miguel, primitivamente dedicado a San Bernardo, la sillería de coro, un facistol (ya desaparecido) y el Apostolado (tablas con pinturas del Salvador y los doce apóstoles que formaban el respaldo de la cajonería del monasterio).